Emmauel Lê Phong Thuận sinh ngày 2 tháng 12 năm 1930 tại họ đạo Cồn Phước, xã Mỹ An, huyện Chợ Mới, Giáo phận Long Xuyên, (tỉnh An Giang). Cậu bé Thuận là người con thứ 9 trong gia đình.[4] Từ nhỏ, cậu đã có chí hướng đi tu, vì thế, năm 1938, gia đình đưa cậu vào học tại Tiểu Chủng viện Cù Lao Giêng, đến năm 1945 thì cậu nhập học tại Tiểu Chủng viện Nam Vang. Tiếp tục con đường tu trì, năm 1952, chủng sinh Thuận tiếp tục theo học tại Đại Chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn.[5][6]